新疆农业大学科学技术学院2002年7月经自治区教育厅批准成立，2004年经国家教育部重新审批确认，为全国首批确认的124所（其中新疆2所）独立学院之一，是实施本科层次普通高等教育的独立学院。
学院现有农大东路校区（乌鲁木齐市沙区农大东路110号，占地84亩）和西山校区（乌鲁木齐市沙区西山新镇聚安路888号）。其中，西山校区坐落于西山大学城，距离乌鲁木齐市中心25公里，地处亚心腹地。西山校区建设项目于2014年启动，总体规划面积1560亩，总建筑面积48万平方米；一期校园面积450亩，一期一步建筑面积10万平方米已于2017年9月投入使用；整体建成后可满足15000人办学规模需要。
2020年10月25日，新疆维吾尔自治区教育厅发布公告称，新疆农业大学科学技术学院终止办学，原学校并入新疆农业大学。