上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、江苏、浙江及福建等地区的研究院所。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中国科学院华东办事处，1950年4月在南京设立华东办事处南京分处，接管并改造了原中央研究院和北平研究院在上海、南京的研究机构，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中国科学院撤销分院体制，1977年11月恢复成立中国科学院上海分院。2025年10月，中国科学院南京分院不再保留，并入上海分院。
上海分院系统现有26家研究机构：上海微系统与信息技术研究所、上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、上海应用物理研究所、上海技术物理研究所、上海有机化学研究所、上海营养与健康研究所、分子细胞科学卓越创新中心、脑科学与智能技术卓越创新中心、分子植物科学卓越创新中心、上海天文台、上海药物研究所、上海高等研究院、微小卫星创新研究院、南京地质古生物研究所、南京土壤研究所、南京地理与湖泊研究所、紫金山天文台、南京天文光学技术研究所、工业人工智能研究所、苏州纳米技术与纳米仿生研究所、苏州生物医学工程技术研究所、宁波材料技术与工程研究所、杭州医学研究所、福建物质结构研究所和城市环境研究所。